Para emissão de um nota fiscal complementar, acesse o seguinte menu:
MENU:
->vendas->faturamento->manutenção->emissão NF eletrônica
Em seguida escolha a opção “Nota Complementar”
Na sequencia informe os dados conforme figura abaixo e comece a inserir os itens que deverão ter os tributos informados, lembre de não informar nessa etapa os valores nos itens, mais a frente será necessário inserir manualmente os cálculos dos tributos

Agora clique em "Salva Nota Fiscal" e na próxima tela que abrir clique em "Emitir Nota Fiscal"

Após a inserção do item irá abrir uma janela igual a de emissão de NF, vá até a parte dos tributos e corrija o imposto devido, adicionando então os valores a serem destacados pela nota, item a item.

Agora clique em "Salva Nota Fiscal" e na próxima tela que abrir clique em "Emitir Nota Fiscal"

Após a inserção do item irá abrir uma janela igual a de emissão de NF, vá até a parte dos tributos e corrija o imposto devido, adicionando então os valores a serem destacados pela nota, item a item.

Não esqueça de salvar os dados do item antes de prosseguir.

Dai é só continuar a emissão de forma normal a exemplo de pedido.